Balığın lezzetini kaybetmemesi için yakalandıktan sonra en kısa sürede temizlenmesi gerekir. Eğer balığın pişirme süresi kısaltılmak isteniyorsa balıktan fileto alınması yararlı olacaktır.
Yassı ve yuvarlak balıkların fileto alma işlemleri birbirinden farklıdır. Fileto almada en önemli kural, balık eti kalınlığının her iki filetoda aynı olmasıdır. Kolay fileto almak için bıçak keskin ve dar olmalıdır. Filetosu çıkarılacak olan balığın büyüklüğüne göre 10 cm, 15 cm, 18 cm uzunluğunda bıçaklar uygundur. Fileto alırken bıçak çok derine kaçarsa balığın belkemiği kılçıkları filetoda kalır, yüzeyde kalırsa da ete zarar verir. Balıkların fileto sonrasında kemikleri ve kafası kalır. Bunları atmayıp, haşlayarak ve çeşitli aromalı otlar ve baharatlarla lezzetlendirerek balık suyu elde edilebilirsiniz. Bunu buzdolabında, derin dondurucuda, özel buz kalıplarında küp şeklinde dondurup sonradan sos, çorba, buğulama vb yapımında kullanabilirsiniz.
Yuvarlak gövdeli balıktan fileto çıkarma: Balığı temizledikten sonra kurulayın. Kafasını ve kuyruğunu koparmadan balığın sırtı kendinize bakacak şekilde kesme tahtası üzerine yatırın ve sonra avucunuzla balığın üzerine hafifçe bastırın. Bıçağı balığın kafasının hemen önünden bel kemiğine paralel tutarak, baştan kuyruğa doğru boylu boyunca dikkatlice kesin. Ya da balığın omurgasına paralel olacak şekilde, kuyruktan başa doğru boydan boya keserek filetosunu alın. Aynı işlemi balığın diğer tarafına da uygulayın.
Yassı gövdeli balıktan fileto çıkarma: Yassı gövdeli balıklarda, yuvarlak gövdeli balıklarda olduğundan farklı olarak balığın her yüzünden iki parça fileto elde edilir.
Balığın kafasını kendinize doğru gelecek şekilde tutarak kesme tahtasına yerleştirin. Keskin bir bıçakla bağırsaklarını çıkartın. Başından kuyruğa doğru kemik boyunca kesin. Birinci filetoyu çıkarmak için bıçağı kılçık boyunca yatay tutup balık etini yarısından itibaren kesin ve diğer elinizle eti dışa doğru çevirerek çıkartın. Balığın baş tarafını yine kendinize doğru çevirerek, diğer filetoları gia aynı şekilde çıkarın. Özellikle dil, pisi, kalkan balıklarının bu şekilde filetoları alınabilir.